ในอดีตกาลเหล่าร้ายได้อาศัยกระจัดกระจายอยู่ทั่วห้วงอวกาศ และในทุกวันนี้พวกมันก็ยังคงสร้างความวุ่นวายไปทั่วจักรวาล ในระหว่างที่เหล่าอุลตร้าฮีโร่ต่อสู้เพื่อรักษาความสงบสุขให้กับกาแล็กซี, สิ่งมีชีวิตลึกลับที่หมายทำลายความสงบ ก็ทำลายดวงดาวไปทีละดวงและตอนนี้พวกมันก็เดินทางมาถึง ดินแดนแห่งแสง
คนที่บุกเข้าไปขวางเหล่าร้ายก็คือ อุลตร้าแมนเซโร่ กับอุลตร้าแมนเซต ลูกศิษย์ของเขา ในที่สุดการต่อสู้ที่ดุเดือดก็ปะทุขึ้นและ เซตได้ทำการไล่ล่าสัตว์ประหลาดมาถึงโลกด้วยตัวคนเดียว
ระหว่างนั้นหน่วยหุ่นยนต์ต่อต้านสัตว์ประหลาด STORAGE กองกำลังที่ก่อนตั้งขึ้นมาเพื่อรับมือกับสัตว์ประหลาด และมีชายหนุ่มเลือดร้อนอย่างนัตสึคาวะ ฮารุกิเข้าร่วมทีม ระหว่างที่สัตว์ประหลาดกำลังบุกโลก เซตกับฮารุกิก็ได้พบกันดั่งชะตาชักพา และการต่อสู้ของสองฮีโร่อันแสนร้อนแรงก็เริ่มต้นขึ้น