ในปี 2029 ด้วยเทคโนโลยีไซเบอร์เนติกส์ที่ล้ำหน้า ร่างกายมนุษย์สามารถแทนที่ได้ด้วยชิ้นส่วนจักรกล รวมถึงสมองจักรกลที่สามารถท่องไปในโลกของอินเตอร์เน็ตหรือเน็ตเวิร์คอื่นๆ ได้ มาโคโตะ คุซานางิ หัวหน้าหน่วยจู่โจมของเซ็คเตอร์ 9 ได้ออกติดตามคดีของ Puppet Master ที่ก่อคดีอาชญากรรม